高等教育綜合改革的總目標是推進大學治理結構和治理能力現代化，建立現代大學制度。大學治理的核心內容是參與性，即各利益相關者參與大學重大事項的決策。現代大學治理是依據并通過章程的治理，大學章程是大學自主辦學的基本法、學術自由的保障書、師生權利的守護者。作為現代大學制度的主要載體，大學章程是形式，大學治理是內容。建立中國特色現代大學制度，必須推進依法治校進程，完善以章程為核心的制度體系。推進中國大學治理結構和治理能力現代化需要實現三大轉變。
一、大學外部治理：由政事一體化向政事分開轉變
改革開放后，國家進行了一系列的體制改革。《中共中央關于教育體制改革的決定》(1985 年)明確提出：“增強學校的辦學活力，擴大學校辦學自主權”。《中華人民共和國教育法》(1995 年)、《中華人民共和國高等教育法》(1998 年)則明確了公辦大學的法人地位。然而，在實踐中，“行政事業一體化”的格局沒有根本改變。隨著市場經濟體制的確立，重構高等教育公共治理結構再次被提上日程。十八大報告明確提出，要將政府作為管理者、舉辦者與公辦大學作為獨立法人的行為進行區分，逐步取消實際存在的行政級別和行政化管理模式，大力培育第三方評估機構，推進政校分開、管辦分離。
政事分開的核心是落實和擴大學校辦學自主權，引入“負面清單”管理模式是實現大學自主性的終極解決方案。負面清單管理模式是指政府在管理大學時擬定權力清單，從而為政府的管理行為劃定邊界。凡是列入權力清單的事項，政府必須嚴格執法;凡是權力清單以外的事項，大學可以自主決定，政府不得直接干預。負面清單管理模式同時也為大學自主辦學劃定了邊界。值得指出的是，權力清單以外的事項，政府不直接干預并不意味著大學行為不受任何監督。事實上，第三方評估機構可以對權力清單以外的事項進行公平有效的評估與監督。實行負面清單管理模式需要相關的制度支撐，負面清單管理意味著權力清單之外的眾多領域將由核準制轉為備案制。然而中國法律并沒有對“行政備案”做出明確規定，“備案”常常與“行政許可”“行政確認”等混為一談。沒有完善的行政備案制度，負面清單管理模式將會虛置。沒有權力清單的公開，負面清單管理模式也無法實施。實行負面清單管理模式意味著大學辦學自主權空前擴大，基于分權與問責相結合的原則，必須完善相關的制度。
二、大學內部治理：由橫向分權向縱向分權轉變
大學起源于中世紀的行會組織，發展到19 世紀，大學實行學會治理模式，此時大學組織內部利益相關者主要有三類：行政人員群體、教師群體和學生群體，大學權力最初就在這三個群體之間分配，這就是橫向的分權。在 20 世紀 20 年代，隨著大學規模的擴大以及科學管理運動的興起，現代科層制被引入大學，并逐漸取得主導地位。二戰后，隨著高等教育的大眾化，大學規模急劇擴大，管理的復雜性成倍增加。加之學科知識的快速發展和不斷分化，教師不愿意兼職從事管理工作，更多的管理功能分化出來，讓位于專業管理人員，科層管理在大學組織中進一步擴大與發展，推動了大學管理的職業化和專業化。現代大學中兩類管理系統并存的格局自此最終形成：一種是新介入的“以行政管理系統”為基礎的科層管理模式;一種是傳統的“以院系學術管理”為基礎的專業組織管理模式，由此形成了美國學者伯頓·克拉克所謂的學科和院系矩陣結構。如何讓這兩類組織各司其職、各盡所能、和平相處，是現代大學治理的挑戰之一。為了應對這一挑戰，英美國家的大學普遍采用兩院制治理模式。所謂兩院制治理模式，就是大學的最高決策機構有兩個，一個是大學董事會，一個是大學評議會;前者負責大學財政事務的決策，后者負責大學學術事務的決策。這種治理模式是一種“橫向分權”的制度安排，強調大學權力在各相關群體之間分配，其核心是學術權力與行政權力的分立。20 世紀 80 年代后，西方發達國家的高等教育進入普及化階段，高教規模巨大，政府和社會支持高等教育的力度不斷下降，大學經費負擔從以政府和社會為主轉向以學校、學生為主。學生買方市場由此形成，生源競爭激烈。在這種背景下，西方興起了新公共管理運動，市場機制被引入高等教育領域，科層制度和管理專業化在大學占統治地位，傳統的學術管理領域進一步萎縮。隨之而來，學術人員失去了學校層面的控制權，轉向守護基層學術組織的控制權。事實上，學術人員在基層學術組織依然擁有足夠大的權力。也正是在這個意義上，伯頓·克拉指出大學組織的特點是底部沉重。由此可見，學術與行政的權力關系正由橫向分權演變為縱向分權，大學治理要處理的主要矛盾也由橫向的“組群間的權力沖突”演變為縱向的“學校與基層學術組織的權力沖突”，基層學術組織自治問題日益凸顯。
作為一個科層組織，大學組織離不開行政管理。事實上，隨著中國大學規模擴張，大學管理的復雜性在急劇增加，在這種情況下，大學要強化行政管理，推進管理的專業化。隨著教育部發布《高校學術委員會規程》，許多大學都賦予學術委員會最高學術決策權的地位，并提出行政人員集體退出學術委員會，希望以此解決學術權力不彰的問題。在現代大學保留學會組織模式的是基層學術組織，
學術權力的大本營不是學術委員會，而是基層學術組織，因此，綜合改革的著眼點要由各利益群體的橫向分權轉為學校與院系的縱向分權，擴大基層學術組織的權力。伯頓·克拉克認為，現代大學是由院校和學科組成的矩陣結構，院校實行的是科層模式，而學科存在于基層學術組織，學會模式。現在我們要落實學術權力，就是要擴大基層學術組織自治權的范圍。
三、制度創創新：由高教法向大學章程的轉變
依法治校是大學綜合改革的需要，也是建立現代大學制度的基礎。中國大學應以深化綜合改革為契機，形成以大學章程為核心的統一性、規范性和權威性的制度體系。筆者閱讀了一些學校的大學章程，發現存在如下問題：一是將大學戰略發展規劃與大學章程混為一談;二是過于重視橫向分權，忽視縱向分權，即大學的縱向治理沒有寫到底，沒有寫到院、系;三是高教法與大學章程分工不明確，大學章程的創新空間不明確。
實際上，從宏觀層面看，高教法主要調整政府與大學的關系，而大學章程實際上是公辦大學與政府簽訂的公法契約，它對政府與大學均有法律約束力，即通過大學章程喚醒大學沉睡的權利。從微觀層面看，高教法調整橫向分權，大學章程規范縱向分權。高教法對黨委和校長是什么關系、學術委員會和校長是什么關系等做出規定。大學章程主要規范學校與院系的縱向分權，即基層學術組織有什么權利，學校是實行學部制還是什么制，在處理學校層面和基層學術組織之間的權力配置方面，這才是大學章程大有可為的制度創新空間。
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