2014年，上海醫藥工業研究院計劃招收攻讀學術型碩士學位研究生65人左右，

上海醫藥工業研究院1979年經國務院學位評定委員會批準具有6個藥學二級學科碩士學位授予權。1981年，醫工院成為全國首批同時具有博士、碩士學位授予權單位之一。2000年，被國務院批準為藥學一級學科博士學位授予單位。目前有藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學、生物化工專業招收研究生。現設有藥學一級學科博士后流動站。

此外，中國教育在線了解到，上海醫藥工業研究院2014年對于非定向研究生收取學費3000元/學年/生，所收學費全部用于提高原有獎學金和助學金的額度。獎學金不低于80%的覆蓋面，助學金100%覆蓋面。

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