目前巴拉圭共有54所大學，國立8所，私立46所，總計開設了288個學院，1,610個學系。另外，根據巴國「國家科技委員會」（Conacyt）所公布的資料，本(2012)學年度全國大學注冊總人數達303,539人，約占全國總人口4.5%，其中81%就讀私立大學。然而，這些私校中有1個或1個以上的科系通過「國家高教評監認證中心」（Aneaes）考評的只有4所，包括天主教大學8系，以及北方大學（UniNorte）、巴拉圭自治大學（UAP）、浸信會醫學院（CMB）各1系，而全國所有大學通過評監的系所加總起來也不到30個。

教育部主管高教事務次長莫里尼哥（Jose Nicolas Morinigo）承認「現在大家都是盲目地申請學校」，因此改善大學品質的第一步應在於訊息的透明化，令學子在決定申請哪一所學校及科系前，能掌握各校系的發展現況、硬體設備、教師素質、就業前景...等概況，故該部正在評估未來每6至12個月在網站上公布一份高教基本資訊的可行性。他相信這項做法實施後，假以時日在積極面可以產生促進校際競爭，從而提升品質的效果，消極面則會自然淘汰缺乏競爭力的校系，同時避免大學的過量設立。

另外，由於現行大學法規定大學享有自治權，因此教育部幾乎完全無法干預校務，再加上新設大學的核可權控制在國會手中，更使得高教機構從設立、招生到頒發畢業證書都實質脫離了教育部的掌握。關於這個問題，莫里尼哥次長抨擊各大學都把自治權當成一項絕對的主權，并做為拒絕政府插手的藉口。他認為大學的自治權只應該存在於教育部所劃定的范圍之內，并非全無限制。目前看來，巴國高教的沉?只有等待國會審議中的高教法通過後才可能出現轉變，但令人憂心的是該法草案現已陷入各既得利益派系的角力之中，不僅短期內難以過關，日後即使通過，內容也未必符合社會的期望。

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