長期以來，巴拉圭每年均有十多名學生獲得古巴政府獎學金，就讀該國專為中南美洲學生開設的「拉丁美洲醫學院」（Escuela Latinoamericana de Medicina），但學成返國後卻在學歷采認上遭遇重大困難，因為負責是項業務的國立亞松森大學認為古巴的醫師養成教育不夠紮實，故直到目前為止，沒有一人能獲得亞大的學歷采認。

巴國教育部次長席門內斯（Francisco Gimenez）指出，依照巴國大學法，某些領域經教育部授予學位後，即可獲得執業資格，但這并不包括醫事人員。在古巴的醫學院的案例中，拉丁美洲醫學院的學歷可以獲得該部承認，但這并不等同於獲得執業許可，因為還必須履行衛生部所訂定的實習條件，以及通過亞大的學歷采認，二者缺一不可。

依據衛生部的規定，在國外獲得學位的醫事人員必須先在國內鄉村醫療院所實習一年，并取得全國衛生協會（INS）的合格證書。至於學歷采認，則是指亞大醫學院對於古巴醫科學生的修習科目及相關過程進行檢視，以審核是否達到亞大本身及「南方共同市場」（Mercosur）的修業規范。席門內斯次長表示正與古巴政府進行協商，以便於讓拉丁美洲醫學院的課程安排及實習制度能符合巴國的要求。亞大醫學院院長曼西尼（Anibal Peris Manccini）則指出該院會對學制不同的國外醫科畢業生舉辦特別考試，但拉丁美洲醫學院畢業生認為受到歧視而拒絕參加。

事實上，古巴醫科畢業生的專業能力在其他拉美國家也深受質疑。例如在智利2011年醫師資格國家考試（Eunacom）中，古巴醫科畢業生的通過率不到20%，整體平均分數只有39分（滿分100）。相對地，智利本國大學醫科畢業生的通過率則高達98%，平均分數74分。

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