2014年11月13日，Nature出版集團（Nature Publishing Group）首次正式發布全球前200名科研機構與高校的自然指數（Nature Index,簡稱NI指數）情況。據最新數據顯示，清華大學的2014自然指數在世界各大科研機構和高校中排名第37位，在全國高校中排名第2位。

自然指數（NI指數）的數據庫追蹤了約6萬篇優質科研論文的作者單位信息，涵蓋全球2萬多家科研機構和高校。納入自然指數的論文取自68種自然科學類期刊，都是被科研人員認定為最好科研成果的期刊。這些期刊由全球在職科學家所組成的兩個獨立評選小組選出，組長由倫敦大學學院John Morton教授和倫敦國王學院Yin-Biao Sun博士擔任。此外，評選小組還通過一個大規模的全世界各大科研機構與高校的調查對甄選出的期刊進行驗證，該調查共收到2800多個回復。這68種期刊約占自然科學期刊總引用量的30%。自然指數正是基于各科研機構和高校在這68種期刊上的發文貢獻情況做出的統計。

首個發布的自然指數（2014）的分析是基于上一年度的數據（2013年1月至12月），并聚焦于上一年度全球范圍內貢獻了最高質量科研論文的國家和機構。其中特別值得一提的是，中國的科研產出和科研質量均在穩步提升，其2014自然指數僅次于美國，位列世界各國第二位。

據Nature出版集團的統計結果顯示，南京大學在這68種期刊上的發文表現優秀，其2014自然指數在世界各大科研機構和高校中排名第38位，在全國高校中排名第3位，緊隨北京大學（世界排名第22位）、清華大學（世界排名第37位）。

另外，Nature出版集團還發布了化學、物理、生命科學、地球和環境科學四個學科的自然指數前50名的科研機構和高校的名單。在68種期刊中，南京大學在有關化學學科的18種期刊上發文的自然指數位列世界第15位，在全國高校中排名第2位，僅次于北京大學（世界排名第10位）；在有關物理學科的23種期刊上發文的自然指數位列世界第49位，在全國高校中排名第5位，前四位依次是北京大學（世界排名第18位）、清華大學（世界排名第30位）、中國科學技術大學（世界排名第41位）、浙江大學（世界排名第48位）。

《Nature》執行主編暨Nature出版集團大中華地區總監尼克-坎貝爾（Nick Campbell）說：“自然指數以一種獨特的視角反映了中國科研的持續成長，尤其是高質量科研產出的增長……自然指數提供了一個評價科研論文及其貢獻機構的新方法。通過聚焦于研究人員選出的一小部分期刊，我們希望能提供一種新層面的分析，并更有針對性和適應性。我們期望使用者能梳理出科研的模式，關注趨勢，分析各項實力，并了解機構和國家如何進行合作。”

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